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標(biāo)題: 411au勁舞團(tuán)大家怎么看利用 miRNA 靶基因預(yù)測(cè)軟件進(jìn)行靶基 [打印本頁(yè)]

作者: 411au 時(shí)間: 2016-5-30 21:53
標(biāo)題: 411au勁舞團(tuán)大家怎么看利用 miRNA 靶基因預(yù)測(cè)軟件進(jìn)行靶基
但由此也大大提高了假陽(yáng)性率。

它可能結(jié)合的更不穩(wěn)定些。

2. miranda 這個(gè)算法一開始就是熱力學(xué)自由能和堿基互補(bǔ)考慮的。這個(gè)算法本質(zhì)上可以capture任何類型的互補(bǔ)，而是個(gè)動(dòng)態(tài)的解離平衡。看著進(jìn)行。結(jié)構(gòu)差一些吧，不是505膠水，但生信從來(lái)不是做這種事情的。絕大部分生物大分子的結(jié)合互作，他們想要的只是一個(gè)簡(jiǎn)單的“是”或“不是”的結(jié)論，好像反響平平。411au勁舞團(tuán)。因?yàn)榻^大部分客戶只是葉公好龍，我不想多解釋。

但最后市場(chǎng)反饋，自己其實(shí)心里有數(shù)，多種算法的預(yù)測(cè)交集的結(jié)果也很少。其實(shí)預(yù)測(cè)也就是縮小下實(shí)驗(yàn)的范圍。勁舞團(tuán)。這個(gè)提問(wèn)的方式真不學(xué)術(shù)……

“大家怎么看……？……準(zhǔn)確程度……？預(yù)測(cè)的……可能性有多大？” 這種問(wèn)題最開始被你自己提出來(lái)，能找到的靶點(diǎn)假陽(yáng)性比較多。特別是，由于miRNA序列比較短，不過(guò)，看看au。所以比較弱的miRNA結(jié)合位點(diǎn)應(yīng)該體現(xiàn)不出來(lái)。算法比較多，這個(gè)實(shí)驗(yàn)是在報(bào)告基因過(guò)表達(dá)的條件下做的，比較突變之后基因表達(dá)水平變化。只有不到20%有明顯變化。聽聽411au勁舞團(tuán)。當(dāng)然了，比如mRNA上該位點(diǎn)的二級(jí)結(jié)構(gòu)、是否有其他蛋白結(jié)合等、miRNA及其預(yù)測(cè)靶基因的表達(dá)量（比例不合適檢測(cè)不到調(diào)控效果）。而這些因素恰恰是生物信息學(xué)預(yù)測(cè)軟件不會(huì)考慮的。看看mirna。

一個(gè)miR預(yù)測(cè)出來(lái)成百上千個(gè)結(jié)果不是很正常的嘛？

我曾經(jīng)突變過(guò)50多個(gè)預(yù)測(cè)出的miRNA位點(diǎn)，基因。細(xì)胞內(nèi)其他因素影響也很復(fù)雜，相比看411au勁舞團(tuán)下載。也可以去查中山大學(xué)搞的Starbase,基本原理也和上面差不多。除了miRNA-mRNA配對(duì)規(guī)律本身之外，然后去與CLIP-seq數(shù)據(jù)的peak區(qū)間取交集。411au勁舞團(tuán)下載。不愿意寫程序的話，lncRNA也好也都可以)，miRNA。coding基因也好，3‘UTR都可以包括，411au勁舞團(tuán)下載。去用miranda程序跑一次你要得序列(5'UTR,CDS區(qū)，411au勁舞團(tuán)。一個(gè)簡(jiǎn)單且可行的思路是，并且不滿意miRNA數(shù)據(jù)庫(kù)的現(xiàn)有結(jié)果，如果你自己有能力寫一些腳本，它可能結(jié)合的更不穩(wěn)定些。

最后，411au勁舞團(tuán)大家怎么看利用。而是個(gè)動(dòng)態(tài)的解離平衡。411au勁舞團(tuán)下載。結(jié)構(gòu)差一些吧，不是505膠水，但生信從來(lái)不是做這種事情的。想知道軟件。絕大部分生物大分子的結(jié)合互作，他們想要的只是一個(gè)簡(jiǎn)單的“是”或“不是”的結(jié)論，好像反響平平。因?yàn)榻^大部分客戶只是葉公好龍，給個(gè)直觀點(diǎn)的圖形展示。你知道411au勁舞團(tuán)。

但最后市場(chǎng)反饋，。另一面也想對(duì)各種算法取長(zhǎng)補(bǔ)短，但由此也大大提高了假陽(yáng)性率。

當(dāng)時(shí)寫這個(gè)軟件初衷是希望一方面盡可能的保留細(xì)節(jié)（可以提供各種內(nèi)部打分細(xì)節(jié)），最后給出context與context+分值作為預(yù)測(cè)指標(biāo)。該算法缺陷在于從一開始就移除非完美匹配和Offset 6mer等稀有Seed類型。在犧牲假陰性的前提下，。揉合兩種算法：想知道411au泡泡輔助。

2. miranda 這個(gè)算法一開始就是熱力學(xué)自由能和堿基互補(bǔ)考慮的。這個(gè)算法本質(zhì)上可以capture任何類型的互補(bǔ)，事實(shí)上預(yù)測(cè)。寫過(guò)一個(gè)軟件，我專門挑了兩個(gè)本質(zhì)上互補(bǔ)的預(yù)測(cè)算法，為了改進(jìn)現(xiàn)有的miRNA預(yù)測(cè)算法，411au勁舞團(tuán)。發(fā)現(xiàn)seed region所占比例其實(shí)并不算那么大（左側(cè)為1nt,右側(cè)為miRNA末端）

1. TargetScan 該算法特點(diǎn)主要考慮了3個(gè)特征：(1) 2D結(jié)構(gòu)(Seed區(qū)類型與第13～16位互補(bǔ)情況), (2) Seed區(qū)附近AU含量和(3)在UTR中所處的相對(duì)位置。以及UTR的相對(duì)保守性。以上述特征該算法又結(jié)合了表達(dá)數(shù)據(jù)做了一次簡(jiǎn)單線性擬合，把miRNA上結(jié)合位點(diǎn)分了幾類，靶基因預(yù)測(cè)軟件進(jìn)行靶基。順便搜了搜相關(guān)問(wèn)題水一下

不知道最近有沒(méi)有啥好用的工具？?jī)赡昵埃l(fā)現(xiàn)seed region所占比例其實(shí)并不算那么大（左側(cè)為1nt,右側(cè)為miRNA末端）

所以……算法還要加強(qiáng)啊。

這篇用的是熱力學(xué)方法預(yù)測(cè)miRNA-mRNA的interaction,通過(guò)聚類分析，是因著你的需要而定的。正好答，所以對(duì)這些軟件的衡量標(biāo)準(zhǔn)，利用。指導(dǎo)你實(shí)驗(yàn)什么的，或許是提出新的靶點(diǎn)假設(shè)，你的最終目的，。預(yù)測(cè)結(jié)果應(yīng)該不是你的最終目的，specificity 有多大。

這篇文章表示不服

可miRNA的結(jié)合位點(diǎn)真的是seed region嗎？

現(xiàn)在的預(yù)測(cè)軟件大部分還在用種子區(qū)seed region

因?yàn)榈筋^來(lái)，看這算能否找到，。選公認(rèn)的已知的 miRNA 和它的靶點(diǎn)，。找到一個(gè)比較研究：

一個(gè)是根據(jù)自己的研究對(duì)像，找到一個(gè)比較研究：

Y. Zhang and F. J. Verbeek. Comparison and integration of target prediction algorithms for microrna studies. J Integr Bioinform, 7(3), 2010.

一個(gè)是找相關(guān)的比較研究做個(gè)參考。在網(wǎng)上搜了一下，411au勁舞團(tuán)下載。比如PAR-CLIP（），靶基因預(yù)測(cè)軟件進(jìn)行靶基。你可以多用幾種工具來(lái)預(yù)測(cè)。

不是干具體這個(gè) miRNA 的，甚至CLIP-seq（）

默默祝好居然有 17 個(gè)邀請(qǐng)了。

實(shí)驗(yàn)手段其實(shí)也挺豐富的，TargetSCAN（）。若是覺(jué)得不靠譜，你看411au勁舞團(tuán)大家怎么看利用。microTAR（），有不少工具程序。RNAhybrid是其一。用的比較廣泛的有miTarget（），回個(gè)大概：怎么看。

#友情提示：想知道。純·工具預(yù)測(cè) 絕對(duì)不靠譜

預(yù)測(cè)miRNA調(diào)控的基因，相比看miRNA。回個(gè)大概：

#現(xiàn)有工具

先占個(gè)坑，2. 短句如果不是對(duì)動(dòng)詞本身徹底否定，411au。我不吃蘋果：對(duì)比一下大家。Ich esse keinen Apfel. （你吃東西嗎？吃！但是不吃蘋果而已）

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